أثناء العملية , سيتم عمل كل شيئ للتاكد من راحتك . خط وريدى , أو أي في , يتم تركيبه لاعطائك دواء يجعلك مسترخى و نعسان . الدواء سيمكنك من الأحتفاظ بوعيك و تعاونك , لكن ربما أن يمنعك من تذكر بعض الأشياء .
 
بمجرد استرخائك تماما , سيقوم طبيك بعمل فحص شرجي مستخدما أصبع مغطى بقفاز و مادة مشحمة ; ثم يتم ادخال منظار القولون المشحم برفق .
 
أثناء ادخال المنظار ببطء و حرص , ربما تشعر كأنك تحتاج الى تحريك أمعائك , و هذا بسبب الهواء الذى يتم ادخاله لمساعدة تقدم المنظار , ربما تشعر ببعض المغص أو الأمتلاء . بشكل عام , مع ذلك , هناك قليل أو لا شيئ من عدم الراحة .
 
الوقت المستغرق لعمل منظار القولون سوف يتفاوت , و لكن فى المتوسط  , العملية تستغرق حوالى ثلاثون دقيقة  . بعد ذلك , سيتم الأعتناء بك فى منطقة الأنعاش حتى انتهاء تأثيرات الدواء . فى هذا الوقت , سيخبرك طبيبك بنتائج منظارك القولونى و سيزودك بأى معلومات أضافية تريد أن تعرفها . سوف تزود ببعض التعليمات عن الوقت القريب الذى تستطيع أن تأكل فيه و تشرب , بالأضافة الى نقط استرشادية  لأستعادة نمطك الطبيعى . 
 
بمرور الوقت أنت مستعد للرجوع الى البيت , سوف تشعر بأنك أقوى و أكثر يقظة . و مع ذلك , يفضل أن تستريح الوقت المتبقى من اليوم . ينصح أن يكون معك أحد أفراد العائلة أو صديق ليصطحبك الى المنزل .

منظار القولون هو طريقة أمنة و فعالة لتقييم المشاكل مثل فقد الدم , الألم , و التغيرات فى عادة الأمعاء , مثل الأسهال المزمن أو الأشياء الغير طبيعية التى يمكن اكتشافها أولا بواسطة الأختبارات الأخرى . منظار القولون يمكنه أيضا معرفة و علاج النزيف النشط من الأمعاء .
 
منظار القولون هو أيضا طريقة مهمة لفحص سرطان القولون و علاج زوائد القولون- الزوائد الغير طبيعية على الجزء الداخلى المبطن للأمعاء . الزوائد تختلف فى الحجم , و الشكل , بينما معظمهم ليس سرطاني , بعضهم من الممكن أن يتحول الى سرطان . و مع ذلك , ليس من الممكن القول بمجرد النظر الى الزائدة أنها خبيثة أو يحتمل أن تكون خبيثة . لهذا السبب يستخدم منظار القولون عادة لأزالة الزوائد , طريقة تسمى استئصال الزوائد .
 
منظار القولون يستخدم أيضا كأختبار فحص و مراقبة للمرضي ذوى التاريخ العائلى لسرطان القولون .

على الرغم من أن منظار القولون طريقة أمنة  , من الممكن أن تحدث مضاعفات أحيانا . هذا يتضمن ثقب – خرم جدر القولون , الذى من الممكن أن يتطلب الأصلاح الجراحي . عند القيام بازالة زائدة أو أخذ عينة , من الممكن أن يحدث نزيف ( نزيف حاد ) و فى بعض الأحيان يتطلب نقل دم أو أعادة وضع منظار القولون للتحكم فى النزيف .
 
نتيجة الحاجة الى استخدام الأدوية المهدئة لعمل العملية , هناك بعض المخاطر المتعلقة بالأدوية المستخدمة , على سبيل المثال حساسية و/ أو أثار جانبية  . كما فى أى طريقة غازية , هناك مخاطر العدوى . 
مرة أخرى , هذه المضاعفات غير محتملة . تأكد من مناقشة أى مخاوف خاصة عندك مع طبيبك .