Saat prosedur, semua akan dilakukan untuk memastikan kenyamanan anda. Sebuah jalur intravena, atau IV, akan dimasukkan untuk memberikan medikasi agar anda merasa tenang dan mengantuk. Obat ini akan membuat anda tetap terjaga dan kooperatif, tetapi bisa mencegah anda untuk mengingat sebagian besar dari prosedur ini.
Setelah anda tenang, dokter akan melakukan pemeriksaan dubur menggunakan sarung tangan dan pelumas; kemudian kolonoskop yang sudah diberikan pelumas akan dimasukkan secara perlahan.
Saat kolonoskop dimasukkan secara perlahan dan hati-hati, anda akan merasa perlu untuk menggerakkan perut anda, dan karena udara digunakan untuk membantu memasukkan kolonoskop, anda akan merasakan sedikit rasa kram atau kembung. Umumnya hanya sedikit rasa tidak nyaman, malah tidak terasa sama sekali.
Waktu yang dibutuhkan untuk kolonoskopi bervariasi, tetapi umumnya, prosedur ini memakan waktu sekitar 30 menit. Setelah itu, anda akan dirawat di ruang pemulihan sampai efek dari obat-obatannya hilang. Pada saat ini, dokter akan menginformasikan hasil dari kolonoskopi dan memberikan informasi tambahan yang perlu anda ketahui. Anda juga akan diberikan instruksi mengenai kapan anda dapat makan dan minum, beserta petunjuk untuk melanjutkan rutinitas normal.
Saat anda siap untuk pulang, anda akan merasa lebih kuat dan lebih waspada. Namun, anda sebaiknya beristirahat. Disarankan untuk membawa keluarga atau teman yang bisa mengantar anda pulang.