วิธีหลักในการรักษาโรคไส้เลื่อนคือ การผ่าตัด โดยเฉพาะในรายที่ก้อนนูนมีขนาดใหญ่ขึ้นหรือเริ่มมีอาการปวด แพทย์จะแนะนำให้เข้ารับการผ่าตัดโดยเร็วที่สุดเพื่อป้องกันภาวะแทรกซ้อนรุนแรงที่อาจตามมา เช่น ไส้เลื่อนติดคาไม่สามารถดันกลับเข้าไปในช่องท้องได้ หรือการที่ลำไส้เคลื่อนลงมาในรูเปิดแล้วเกิดการบิดตัว ทำให้ลำไส้ขาดเลือดและเน่า รวมถึงภาวะลำไส้อุดตัน ซึ่งเป็นภาวะที่อาหารหรืออุจจาระไม่สามารถเคลื่อนผ่านลำไส้ไปได้

หลังจากได้รับยาระงับความรู้สึกและใส่ท่อช่วยหายใจโดยวิสัญญีแพทย์แล้ว ผู้ป่วยจะถูกจัดให้อยู่ในท่านอนหงาย แขนกลหุ่นยนต์ที่อยู่ด้านข้างเตียงผู้ป่วยจะทำหน้าที่สอดใส่กล้องและเครื่องมือผ่าตัดเข้าไปในร่างกายของผู้ป่วยผ่านแผลผ่าตัดขนาดเล็กๆ 3-4 ตำแหน่งบริเวณผนังหน้าท้อง

          ขณะผ่าตัดศัลยแพทย์จะใส่ก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์เข้าไปในช่องท้องเพื่อให้มีพื้นที่สำหรับการผ่าตัดและทำให้มองเห็นอวัยวะภายในได้ชัดเจนขึ้น

          ศัลยแพทย์จะนั่งประจำในส่วนควบคุมสั่งการ (console) ในห้องผ่าตัด และทำการผ่าตัดผ่านจอภาพที่แสดงให้เห็นอวัยวะภายในแบบ 3 มิติจากกล้องที่มีความคมชัดและกำลังขยายสูงในช่องท้องของผู้ป่วย ขณะที่ระบบคอมพิวเตอร์จะถ่ายทอดสัญญาณการเคลื่อนไหวแบบเรียลไทม์จากมือ ข้อมือ และนิ้วของแพทย์ไปยังเครื่องมือผ่าตัดที่ติดอยู่กับแขนกลหุ่นยนต์

          แพทย์จะทำการผ่าตัดเพื่อนำลำไส้กลับเข้าไปในช่องท้องแล้วใช้วัสดุสังเคราะห์คล้ายตาข่าย (surgical mesh) เย็บตรึงเข้ากับผนังหน้าท้องด้วยไหมขนาดเล็ก จากนั้นจึงนำเครื่องมือผ่าตัดและกล้องออกจากร่างกายแล้วจึงเย็บปิดแผล
การผ่าตัดใช้เวลาโดยเฉลี่ยประมาณ 1 ชั่วโมงครึ่ง – 2 ชั่วโมง

เพื่อให้การผ่าตัดเป็นไปอย่างราบรื่น ปลอดภัย และเป็นการลดภาวะแทรกซ้อนที่อาจเกิดจากการผ่าตัดลง แพทย์จะประเมินสภาพและความพร้อมของผู้ป่วยโดยการซักประวัติ การตรวจร่างกาย และการส่งตรวจทางห้องปฏิบัติการ จากนั้นจึงนำข้อมูลมาประเมินความเสี่ยงในการผ่าตัด และการให้ยาระงับความรู้สึก

          ผู้ป่วยและญาติจะได้รับข้อมูลเกี่ยวกับวิธีการให้ยาระงับความรู้สึก ขั้นตอนการผ่าตัด การดูแลหลังผ่าตัด และภาวะแทรกซ้อนที่อาจเกิดขึ้น จากนั้นจึงเป็นการเตรียมสภาพร่างกายผู้ป่วย การให้ผู้ป่วยงดน้ำและอาหาร 8 ชั่วโมงก่อนผ่าตัด และการให้ยาต้านจุลชีพเพื่อลดความเสี่ยงในการติดเชื้อ

ความเสี่ยงและภาวะแทรกซ้อนหลังการผ่าตัดไส้เลื่อนที่อาจพบได้ ได้แก่

• อาการปวดตึงบริเวณที่เป็นไส้เลื่อน เนื่องจากวัสดุสังเคราะห์ตาข่ายที่ใส่ลงไปเป็นสิ่งแปลกปลอม ร่างกายต้องใช้เวลาในการปรับตัวให้คุ้นเคย จากนั้นความปวดจะค่อยๆ ลดลง นอกจากนี้ หากมีการยิงสกรูยึดตาข่ายกับกล้ามเนื้อผนังหน้าท้องแทนการใช้ไหมเย็บ อาจส่งผลให้เกิดภาวะปวดเรื้อรังภายหลังการผ่าตัดได้
• ปัญหาจากวัสดุสังเคราะห์ตาข่าย (surgical mesh) เช่น มีการเลื่อนจากตำแหน่งที่ยึดไว้ หรือหดตัวเป็นก้อนเล็กซึ่งพบได้ประมาณ 4-5% ขึ้นอยู่กับชนิดของตาข่ายที่ใช้ ส่งผลให้การปิดรูไม่ได้ผลและอาจทำให้เป็นโรคซ้ำอีก
• มีภาวะเลือดคั่ง (hematoma) หรือน้ำเหลืองคั่ง (seroma) บริเวณแผลผ่าตัด ทำให้ผู้ป่วยบางรายมีอาการบวมบริเวณอัณฑะหรือขาหนีบอีกระยะหนึ่ง จนกว่าของเหลวเหล่านี้จะถูกดูดซึมกลับไปจนหมด
• การบาดเจ็บต่อต่ออวัยวะอื่นๆ เช่น หลอดเลือด เส้นประสาท ลำไส้ หรือกระเพาะปัสสาวะ ซึ่งเป็นภาวะแทรกซ้อนที่รุนแรงแต่พบได้ไม่บ่อยนัก

• หลังการผ่าตัดผู้ป่วยอาจยังต้องงดอาหารและน้ำช่วงระยะเวลาสั้นๆ ไม่กี่ชั่วโมง เพื่อรอให้ลำไส้กลับมาทำงานเป็นปกติก่อน โดยระหว่างนั้นผู้ป่วยจะได้รับสารน้ำทางหลอดเลือดดำ
• โดยทั่วไปผู้ป่วยจะสามารถรับประทานอาหารปกติได้ในวันรุ่งขึ้น และสามารถกลับไปพักฟื้นที่บ้านได้ หากไม่มีภาวะแทรกซ้อนหรือภาวะปวดที่ต้องควบคุมด้วยยาฉีด
• แม้แผลผ่าตัดจะมีขนาดเล็ก แต่เนื่องจากเป็นการผ่าตัดลึกลงไปในช่องท้อง ผู้ป่วยจะมีอาการปวดแผลแต่จะได้รับยาฉีดบรรเทาอาการปวดในวันแรก และยารับประทานในวันถัดไป
• หลีกเลี่ยงการยกของหนักหรือออกกำลังกายหนักประมาณ 1 เดือนหลังการผ่าตัดเพื่อให้ตาข่ายยึดติดกับกล้ามเนื้อให้เรียบร้อย จากนั้นสามารถออกกำลังกายได้ตามความเหมาะสม

การใช้หุ่นยนต์ช่วยผ่าตัดมีข้อดีเมื่อเปรียบเทียบกับการผ่าตัดเปิดแผลใหญ่แบบธรรมดา และการผ่าตัดแบบส่องกล้องดังนี้ คือ

• เป็นการผ่าตัดแผลเล็ก รอยแผลเป็นจากการผ่าตัดมีขนาดเล็กมาก ผู้ป่วยจึงเจ็บตัวน้อยลง และฟื้นตัวเร็วขึ้นกว่าการผ่าตัดแบบเปิด
• อาจลดภาวะแทรกซ้อนภายหลังการผ่าตัด เช่น การติดเชื้อหรือเลือดออกของแผลผ่าตัด เมื่อเทียบกับการผ่าตัดแบบเปิด
• การผ่าตัดมีความแม่นยำและปลอดภัยอย่างมาก เนื่องจากศัลยแพทย์สามารถมองเห็นภาพอวัยวะภายในได้อย่างชัดเจน
• เครื่องมือผ่าตัดที่ติดอยู่กับแขนกลหุ่นยนต์สามารถเคลื่อนไหวโค้งงอและหมุนได้ถึงเจ็ดทิศทาง ทั้งยังเคลื่อนไหวในตำแหน่งที่คับแคบหรือลึกได้อย่างอิสระมากกว่ามือมนุษย์ และมากกว่าเครื่องมือที่ใช้ในการผ่าตัดแบบส่องกล้องธรรมดาซึ่งหมุนได้เพียงสี่ทิศทาง จึงอาจจะให้ผลสำเร็จของการรักษาที่ดีกว่า
• การผ่าตัดแบบส่องกล้องใช้วิธียิงสกรูยึดตาข่ายกับกล้ามเนื้อผนังหน้าท้อง ขณะที่หุ่นยนต์ช่วยผ่าตัดใช้ไหมเย็บ ผู้ป่วยจึงอาจรู้สึกปวดน้อยกว่าหลังการผ่าตัด