โรคอะคาเลเซีย เกิดขึ้นมาจากปมประสาทที่บริเวณหูรูดหลอดอาหารและที่หลอดอาหารทำงานผิดปกติหรือมีจำนวนลดลง โดยยังไม่ทราบแน่ชัดถึงสาเหตุแท้จริงที่ทำให้ปมประสาทดังกล่าวผิดปกติ สาเหตุเดียวที่ทราบคือเกิดจากโรคที่มีการติดเชื้อที่เรียกว่า Chagas disease ซึ่งพบในประเทศที่อยู่แถบทวีปอเมริกาใต้ เป็นโรคที่มีการทำลายเซลล์ประสาทของระบบหลอดอาหารทำให้มีอาการเหมือนโรคอะคาเลเชีย