ผู้ป่วยจะได้รับการตรวจเช็คสุขภาพร่างกายและเตรียมตัวให้พร้อมเช่นเดียวกับการผ่าตัดทั่วไป จากนั้นแพทย์จะให้ยาเพื่อให้ผู้ป่วยอยู่ในภาวะสงบหรือยาชาเฉพาะที่ ก่อนเข้ารับการรักษาด้วยเครื่องสลายนิ่ว ซึ่งตัวเครื่องมีส่วนประกอบดังนี้

• เครื่องเอกซเรย์ที่ช่วยให้แพทย์สามารถระบุตำแหน่งของนิ่วได้แบบ real-time
• จอภาพแสดงผลจากเครื่องเอกซเรย์
• Lithotripter หรือเครื่องสร้างและส่งคลื่นพลังงานเข้าไปสลายก้อนนิ่ว
• เตียงผู้ป่วยที่ออกแบบมาเป็นพิเศษ คือมีพื้นที่เว้าบริเวณช่วงเอวสำหรับให้เครื่อง lithotripter ส่งคลื่นขึ้นมาจากทางด้านล่างของเตียง

ทั้งนี้ เครื่อง lithotripter จะยิงคลื่นกระแทกนับเป็นจำนวนช็อตประมาณ 8,000-10,000 ช็อตจนกระทั่งก้อนนิ่วแตกเป็นผง โดยใช้เวลาในการสลายนิ่วประมาณ 1 ชั่วโมง 30 นาที

แม้ว่าการสลายนิ่วด้วยคลื่นกระแทกจะเป็นวิธีการรักษาที่แพร่หลายและได้ผลเป็นอย่างดี แต่ก็ไม่สามารถใช้รักษานิ่วในทางเดินปัสสาวะได้หมดทุกประเภท โดยข้อจำกัดของการรักษามีดังนี้ คือ

• นิ่วมีขนาดใหญ่เกินไป กล่าวคือนิ่วในไตมีขนาดเกิน 2 เซนติเมตร และนิ่วในท่อไตมีขนาดเกิน 1-1.5 เซนติเมตร
• ผู้ป่วยมีภาวะอักเสบติดเชื้อแบคทีเรียในระบบทางเดินปัสสาวะ ซึ่งจำเป็นต้องได้รับการรักษาให้หายขาดเสียก่อน เพื่อไม่ให้การติดเชื้อแย่ลง
• ผู้ป่วยมีภาวะเลือดออกผิดปกติ
• ผู้ป่วยมีปัญหาการอุดตันของทางเดินปัสสาวะ ซึ่งจำเป็นต้องแก้ไขก่อนเพื่อให้เศษนิ่วสามารถผ่านออกไปทางปัสสาวะได้
• ผู้ป่วยที่มีภาวะน้ำหนักเกิน หรือผู้ป่วยที่กำลังตั้งครรภ์

ภาวะแทรกซ้อนจากการสลายนิ่วด้วยคลื่นกระแทกมักไม่รุนแรงนัก โดยผู้ป่วยอาจมีอาการดังต่อไปนี้

• ปัสสาวะเป็นสีแดง มีเลือดปน แต่จะค่อยๆ จางหายไปได้เองหลังการปัสสาวะ 2-3 ครั้ง
• มีการอักเสบติดเชื้อเพิ่มขึ้นในรายที่มีการติดเชื้ออยู่ก่อนแล้ว ซึ่งสามารถรักษาได้ด้วยยาปฏิชีวนะ
• มีอาการปวดท้องในกรณีที่มีเศษนิ่วตกมาอุดตันในท่อไต แต่โดยทั่วไปเศษนิ่วเหล่านี้จะหลุดมาได้เอง
• อวัยวะข้างเคียง เช่น ลำไส้ หลอดเลือดแดง หลอดเลือดดำบอบช้ำเล็กน้อย

• ดื่มน้ำให้มากเพื่อขับนิ่วออกมาทางปัสสาวะ
• รับประทานยาตามคำสั่งแพทย์
• เข้ารับการตรวจติดตามเป็นระยะ โดยครั้งแรกจะตรวจภายใน 1-2 สัปดาห์หลังการสลายนิ่วเพื่อให้แน่ใจว่านิ่วสลายออกไปหมดแล้วจริงๆ เพื่อป้องกันการกลับมาเป็นซ้ำอีก

หากแพทย์ประเมินว่าการสลายนิ่วด้วยคลื่นกระแทกอาจไม่ใช่แนวทางที่ให้ผลการรักษาที่ดี แพทย์จะอธิบายถึงแนวทางการรักษาอื่นๆ เช่น

• การเจาะผ่านผิวหนังเป็นรูเล็กๆ เพื่อส่องกล้องเข้าไปกรอนิ่วให้แตกเป็นชิ้นเล็กๆ แล้วจึงใช้เครื่องมือดูดหรือคีบนิ่วออก (PCNL: percutaneous nephrolithotomy)
• การผ่าตัด ใช้ในกรณีที่ก้อนนิ่วมีขนาดใหญ่ หรือเป็นนิ่วเขากวางที่มีกิ่งก้านหลายกิ่งจนไม่สามารถเอาออกด้วยวิธีอื่นได้
• การส่องกล้องผ่านท่อปัสสาวะ (Cystolitholapaxy) เพื่อขบนิ่วในกระเพาะปัสสาวะ โดยแพทย์จะส่องกล้องเข้าไปในท่อปัสสาวะเพื่อขบนิ่วให้แตกเป็นชิ้นเล็กๆ แล้วล้างเอาเศษนิ่วออก