แพทย์จะแนะนำการส่องกล้องตรวจกระเพาะปัสสาวะให้กับผู้ที่มีอาการผิดปกติเกี่ยวกับระบบทางเดินปัสสาวะส่วนล่าง เช่น

• ตรวจหาสาเหตุของอาการผิดปกติ เช่น ปัสสาวะมีเลือดปน กลั้นปัสสาวะไม่อยู่ ภาวะกระเพาะปัสสาวะบีบตัวไวเกิน และอาการปวดขณะปัสสาวะ รวมถึงหาสาเหตุของการติดเชื้อบ่อยๆ ในระบบทางเดินปัสสาวะ
• ตรวจและวินิจฉัยโรคมะเร็งกระเพาะปัสสาวะ เป็นการตรวจเพื่อหาตำแหน่ง ขนาด จำนวนและรูปร่างของเนื้องอก และตัดชิ้นเนื้อส่งตรวจทางพยาธิวิทยาเพื่อยืนยันว่าเป็นเซลล์มะเร็งหรือไม่ เป็นมะเร็งชนิดใด และมีการลุกลามมากน้อยแค่ไหน
• วินิจฉัยโรคและภาวะอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับกระเพาะปัสสาวะและท่อปัสสาวะ เช่น นิ่วในกระเพาะปัสสาวะ กระเพาะปัสสาวะอักเสบ ตรวจว่ามีรูรั่วของกระเพาะปัสสาวะหรือท่อปัสสาวะ (fistula) ตรวจประเมินการบาดเจ็บต่อกระเพาะปัสสาวะและท่อปัสสาวะ
• รักษาเนื้องอกขนาดเล็กในกระเพาะปัสสาวะ โดยแพทย์จะสอดเครื่องมือพิเศษผ่านเข้าไปใน cystoscope เพื่อตัดเอาเนื้องอกออก
• วินิจฉัยภาวะต่อมลูกหมากโตหรือท่อปัสสาวะตีบ การส่องกล้องจะช่วยให้แพทย์มองเห็นการตีบแคบของท่อปัสสาวะซึ่งเป็นผลมาจากการเบียดทับของต่อมลูกหมากที่โตขึ้น หรือการตีบของท่อปัสสาวะที่เกิดจากพังผืด

ผู้ป่วยอาจได้รับยาปฏิชีวนะเพื่อลดความเสี่ยงต่อการติดเชื้อจากการส่องกล้อง รับการตรวจปัสสาวะ และต้องถ่ายปัสสาวะที่คั่งค้างออกจนหมด จากนั้นแพทย์อาจให้ดมยาสลบหรือให้ยาชาเฉพาะที่ทาบริเวณท่อปัสสาวะขึ้นอยู่กับชนิดของกล้องที่ใช้ และวัตถุประสงค์ของการตรวจ

แพทย์จะสอดเครื่องมือที่มีลักษณะเป็นท่อยาวขนาดเล็กเรียกว่า cystoscope ผ่านท่อปัสสาวะเข้าไปยังกระเพาะปัสสาวะ ที่ปลายท่อจะมีกล้องที่ทำหน้าที่ขยายภาพพร้อมไฟส่อง โดยแพทย์จะใช้น้ำเกลือหรือสารละลายปรอดเชื้อ (sterile solution) เข้าไปในกระเพาะปัสสาวะเพื่อให้โป่งออกและสามารถเห็นภาพภายในได้อย่างชัดเจน ผู้ป่วยจะรู้สึกอยากถ่ายปัสสาวะแต่จะต้องรอจนกว่าการตรวจจะแล้วเสร็จ ซึ่งใช้เวลาประมาณ 15-30 นาที

ระหว่างการส่องกล้องตรวจกระเพาะปัสสาวะ แพทย์อาจตัดชิ้นเนื้อในกระเพาะปัสสาวะออกมาส่งตรวจทางพยาธิวิทยาหรือทำหัตถการอื่นๆ เพิ่มเติมได้

การส่องกล้องตรวจกระเพาะปัสสาวะเป็นโปรแกรมการรักษาที่มีความเสี่ยงและภาวะแทรกซ้อนน้อย แต่ผู้ป่วยอาจมีความเสี่ยงและภาวะแทรกซ้อนได้บ้าง อาทิ

• ติดเชื้อจากการส่องกล้อง เป็นภาวะที่เกิดได้น้อยมากแต่แพทย์อาจสั่งจ่ายยาปฏิชีวนะก่อนและหลังการส่องกล้องเพื่อป้องกันและลดความเสี่ยงต่อการติดเชื้อที่อาจเกิดขึ้นได้
• ปัสสาวะแสบขัด ปัสสาวะมีเลือดปน ในช่วง 1-2 วันภายหลังการส่องกล้อง และจะค่อยๆ หายไปได้เอง
• ปวดหน่วงๆ ในช่องท้อง ในช่วง 1-2 วันหลังการส่องกล้อง

หาก 2 วันหลังจากการส่องกล้อง ผู้ป่วยยังคงปัสสาวะมีเลือดปน ปัสสาวะสีแดงสด มีอาการปวดหน่วงในช่องท้องมากขึ้น หรือมีไข้หนาวสั่น ควรกลับมาพบแพทย์ทันที

ภายหลังการส่องกล้องตรวจกระเพาะปัสสาวะ ผู้ป่วยสามารถทำกิจวัตรประจำวันได้ตามปกติ และควรดื่มน้ำให้มากเพื่อลดการระคายเคืองในท่อปัสสาวะ