ผู้ป่วยอาจได้รับยาปฏิชีวนะเพื่อลดความเสี่ยงต่อการติดเชื้อจากการส่องกล้อง รับการตรวจปัสสาวะ และต้องถ่ายปัสสาวะที่คั่งค้างออกจนหมด จากนั้นแพทย์อาจให้ดมยาสลบหรือให้ยาชาเฉพาะที่ทาบริเวณท่อปัสสาวะขึ้นอยู่กับชนิดของกล้องที่ใช้ และวัตถุประสงค์ของการตรวจ

แพทย์จะสอดเครื่องมือที่มีลักษณะเป็นท่อยาวขนาดเล็กเรียกว่า cystoscope ผ่านท่อปัสสาวะเข้าไปยังกระเพาะปัสสาวะ ที่ปลายท่อจะมีกล้องที่ทำหน้าที่ขยายภาพพร้อมไฟส่อง โดยแพทย์จะใช้น้ำเกลือหรือสารละลายปรอดเชื้อ (sterile solution) เข้าไปในกระเพาะปัสสาวะเพื่อให้โป่งออกและสามารถเห็นภาพภายในได้อย่างชัดเจน ผู้ป่วยจะรู้สึกอยากถ่ายปัสสาวะแต่จะต้องรอจนกว่าการตรวจจะแล้วเสร็จ ซึ่งใช้เวลาประมาณ 15-30 นาที

ระหว่างการส่องกล้องตรวจกระเพาะปัสสาวะ แพทย์อาจตัดชิ้นเนื้อในกระเพาะปัสสาวะออกมาส่งตรวจทางพยาธิวิทยาหรือทำหัตถการอื่นๆ เพิ่มเติมได้

การส่องกล้องตรวจกระเพาะปัสสาวะเป็นโปรแกรมการรักษาที่มีความเสี่ยงและภาวะแทรกซ้อนน้อย แต่ผู้ป่วยอาจมีความเสี่ยงและภาวะแทรกซ้อนได้บ้าง อาทิ

• ติดเชื้อจากการส่องกล้อง เป็นภาวะที่เกิดได้น้อยมากแต่แพทย์อาจสั่งจ่ายยาปฏิชีวนะก่อนและหลังการส่องกล้องเพื่อป้องกันและลดความเสี่ยงต่อการติดเชื้อที่อาจเกิดขึ้นได้
• ปัสสาวะแสบขัด ปัสสาวะมีเลือดปน ในช่วง 1-2 วันภายหลังการส่องกล้อง และจะค่อยๆ หายไปได้เอง
• ปวดหน่วงๆ ในช่องท้อง ในช่วง 1-2 วันหลังการส่องกล้อง

หาก 2 วันหลังจากการส่องกล้อง ผู้ป่วยยังคงปัสสาวะมีเลือดปน ปัสสาวะสีแดงสด มีอาการปวดหน่วงในช่องท้องมากขึ้น หรือมีไข้หนาวสั่น ควรกลับมาพบแพทย์ทันที

ภายหลังการส่องกล้องตรวจกระเพาะปัสสาวะ ผู้ป่วยสามารถทำกิจวัตรประจำวันได้ตามปกติ และควรดื่มน้ำให้มากเพื่อลดการระคายเคืองในท่อปัสสาวะ