แพทย์จะทำการส่องกล้องทางเดินอาหารส่วนบนเพื่อดูว่ามีการเปลี่ยนแปลงของเซลล์เยื่อบุผิวหลอดอาหารมากหรือไม่ กล้องส่องทางเดินอาหารจะมีเลนส์กล้องและไฟส่องสว่างติดอยู่และฉายภาพวิดีโอบนจอแสดงผล วิธีการนี้ช่วยให้แพทย์เห็นได้ว่ามีการเปลี่ยนแปลงของเยื่อบุผิวหลอดอาหารหรือไม่ หากแพทย์สงสัยว่ามีการเปลี่ยนแปลงของเซลล์เยื่อบุผิวหลอดอาหาร จะทำการตัดตัวอย่างเนื้อเยื่อออกมาเพื่อการวินิจฉัยที่ชัดเจน เนื้อเยื่อบุผิวหลอดอาหารที่เปลี่ยนแปลงไปจะมีลักษณะแตกต่างจากเยื่อบุผิวหลอดอาหารปกติและสามารถมองเห็นได้จากการส่องกล้อง

การตัดชิ้นเนื้อจากหลอดอาหารด้วยการส่องกล้องทางเดินอาหารส่วนต้นจะใช้เวลาเพิ่มจากเดิมเพียงเล็กน้อย ไม่ทำให้รู้สึกเจ็บและแทบจะไม่ก่อให้เกิดภาวะแทรกซ้อน
 

ยาและ/หรือการผ่าตัดสามารถควบคุมอาการของโรคกรดไหลย้อนได้อย่างมีประสิทธิภาพ อย่างไรก็ตาม ทั้งยาและการผ่าตัดไม่สามารถทำให้การเปลี่ยนแปลงของเซลล์เยื่อบุผิวหลอดอาหารกลับมาเป็นดังเดิมและไม่สามารถกำจัดความเสี่ยงของการเกิดมะเร็งได้ มีการรักษาจำนวนหนึ่งที่สามารถทำลายเนื้อเยื่อที่เกิดการเปลี่ยนแปลงนี้ได้ การรักษาเหล่านี้อาจชะลอการพัฒนาไปเป็นมะเร็งในผู้ป่วยบางราย ซึ่งได้แก่ การใช้ความร้อน (การผ่าตัดด้วยคลื่นความถี่วิทยุ การผ่าตัดโดยใช้ความร้อนที่ใช้การห้ามเลือดด้วยอาร์กอน) พลังงานเย็น (การบำบัดด้วยความเย็น) หรือการใช้แสงและสารเคมี (ไฟโตไดนามิก)
 

ความผิดปกติในระยะก่อนเป็นมะเร็ง (dysplasia) เป็นสภาวะก่อนเกิดเป็นมะเร็งที่แพทย์สามารถวินิจฉัยได้ด้วยการตรวจสอบชิ้นเนื้อภายใต้กล้องจุลทรรศน์เท่านั้น เมื่อพบความผิดปกติในระยะก่อนเป็นมะเร็งในเนื้อเยื่อตัวอย่าง ความผิดปกตินี้มักถูกจัดแบ่งว่าเป็นชนิด “high-grade” ที่มีการเปลี่ยนแปลงชัดเจน ชนิด “low-grade” ที่มีการเปลี่ยนแปลงเริ่มแรก หรือ “indefinite” ที่การเปลี่ยนแปลงไม่แน่ชัด

มีคำแนะนำให้ยืนยันคำวินิจฉัยความผิดปกติในระยะก่อนเป็นมะเร็งกับพยาธิแพทย์สองท่านเพื่อให้มั่นใจว่ามีสภาวะนี้เกิดขึ้นจริงในชิ้นเนื้อตัวอย่าง หากยืนยันแล้วว่ามีความผิดปกติในระยะก่อนเป็นมะเร็งเกิดขึ้น แพทย์อาจแนะนำให้ทำการส่องกล้องตรวจทางเดินอาหารส่วนบนบ่อยครั้งขึ้น หรือให้ใช้วิธีการที่ทำลายเนื้อเยื่อส่วนที่มีการเปลี่ยนแปลง หรือทำการผ่าตัดหลอดอาหาร แพทย์จะแนะนำทางเลือกโดยขึ้นกับว่าความผิดปกติอยู่ในระยะใดและสภาวะทางการแพทย์โดยรวม
 
 

ความเสี่ยงของการพัฒนาไปเป็นมะเร็งในผู้ป่วยที่มีการเปลี่ยนแปลงของเซลล์เยื่อบุผิวหลอดอาหารนั้นค่อนข้างต่ำ ประมาณร้อยละ 0.5 ต่อปี (หรือ 1 ใน 200 ต่อปี) ดังนั้นจึงไม่ควรวิตกหากการวินิจฉัยพบการเปลี่ยนแปลงของเซลล์เยื่อบุผิวหลอดอาหาร อย่างไรก็ตาม การมีภาวะนี้เป็นเหตุให้ควรตรวจด้วยการส่องกล้องทางเดินอาหารส่วนบนเป็นระยะพร้อมกับการตัดชิ้นเนื้อส่งตรวจ หากการตัดชิ้นเนื้อส่งตรวจครั้งแรกไม่พบว่ามีความผิดปกติในระยะก่อนเป็นมะเร็ง การส่องกล้องและตัดชิ้นเนื้อควรทำซ้ำทุก 3 ปี หากผลชิ้นเนื้อพบความผิดปกติในระยะก่อนเป็นมะเร็ง แพทย์จะให้คำแนะนำเพิ่มเติมเกี่ยวกับขั้นตอนถัดไป