• อันตรายต่ออวัยวะใกล้เคียง ได้แก่ ลำไส้ ตับ ม้าม ตับอ่อน
• พบเลือดออกในช่องท้องหรือบริเวณแผลผ่าตัด
• เกิดรอยรั่วเข้าไปในช่องปอดระหว่างผ่าตัด ทำให้ปอดแฟบ
• ประสิทธิภาพการทำงานของปอดและระบบทางเดินหายใจลดลงภายหลังการผ่าตัด
• แผลผ่าตัดติดเชื้อ
• สมรรถภาพการทำงานของไตลดลงบ้างในช่วงแรกหลังผ่าตัด
• อันตรายต่อเส้นประสาทใกล้แผลผ่าตัด
• พบไส้เลื่อนที่แผลผ่าตัด

เนื่องจากการผ่าตัดไตมักขึ้นอยู่กับวัตถุประสงค์ของการผ่าตัดไตออกดังที่ได้กล่าวมาแล้วข้างต้น จึงมักไม่มีทางเลือกอื่น ทั้งนี้แพทย์จะเป็นผู้อธิบายถึงเหตุผลและความจำเป็นที่ต้องมีการผ่าตัดไตออก