• กรณีผู้ป่วยประสบอุบัติเหตุ เช่น อุบัติเหตุรถยนต์ ทำให้ไตแตกจนไม่สามารถเย็บซ่อมแซมได้
• กรณีที่ต้องการผ่าตัดเปลี่ยนไต (kidney transplantation)
• กรณีที่เนื้อไตถูกทำลายจากการติดเชื้อ ก้อนนิ่ว ถุงน้ำในไต หรือภาวะอุดกั้นทางเดินปัสสาวะ
• กรณีที่เป็นก้อนมะเร็ง ส่วนใหญ่ต้องทำการผ่าตัดไตหนึ่งข้าง รวมทั้งต่อมหมวกไตและต่อมน้ำเหลืองที่อยู่ใกล้เคียง หรือผ่าตัดไตเฉพาะบางส่วน ขึ้นอยู่กับขนาดก้อนเนื้องอกและตำแหน่ง
• กรณีที่ผู้ป่วยเกิดภาวะความดันโลหิตสูงอย่างรุนแรงจากโรคเส้นเลือดไปเลี้ยงไตตีบตัน ซึ่งก่อให้เกิดการทำลายเนื้อไต

• อันตรายต่ออวัยวะใกล้เคียง ได้แก่ ลำไส้ ตับ ม้าม ตับอ่อน
• พบเลือดออกในช่องท้องหรือบริเวณแผลผ่าตัด
• เกิดรอยรั่วเข้าไปในช่องปอดระหว่างผ่าตัด ทำให้ปอดแฟบ
• ประสิทธิภาพการทำงานของปอดและระบบทางเดินหายใจลดลงภายหลังการผ่าตัด
• แผลผ่าตัดติดเชื้อ
• สมรรถภาพการทำงานของไตลดลงบ้างในช่วงแรกหลังผ่าตัด
• อันตรายต่อเส้นประสาทใกล้แผลผ่าตัด
• พบไส้เลื่อนที่แผลผ่าตัด

เนื่องจากการผ่าตัดไตมักขึ้นอยู่กับวัตถุประสงค์ของการผ่าตัดไตออกดังที่ได้กล่าวมาแล้วข้างต้น จึงมักไม่มีทางเลือกอื่น ทั้งนี้แพทย์จะเป็นผู้อธิบายถึงเหตุผลและความจำเป็นที่ต้องมีการผ่าตัดไตออก