แพทย์ต้องใช้เครื่องมือหลายชนิดเพื่อช่วยในการวินิจฉัยมะเร็งต่อมทอนซิล
ขั้นแรก จะเป็นการซักประวัติจากผู้ป่วย หลังจากนั้นจะทำการตรวจร่างกายและอาจส่งตรวจทางห้องปฏิบัติการเพิ่มเติมดังต่อไปนี้หากจำเป็น

• Fine Needle Aspiration เป็นการเจาะนำเนื้อเยื่อขนาดเล็กมาตรวจใต้กล้องจุลทรรศน์
• การตรวจเลือด
• การเอกซเรย์
• การทำเอกซเรย์คลื่นแม่เหล็กไฟฟ้า (MRI)
• การทำ PET scan

การแบ่งโรคมะเร็งออกเป็น 4 ระยะทำให้ทีมแพทย์สามารถระบุระยะของการดำเนินโรคที่แม่นยำและชัดเจนได้ อย่างไรก็ตามข้อมูลส่วนนี้เป็นข้อมูลที่ใช้สำหรับแพทย์และอาจทำให้คุณงุนงงได้ การแบ่งระยะต่าง ๆ มีรายละเอียดดังต่อไปนี้

ระยะที่ 1 มะเร็งมีขนาดเล็ก (น้อยกว่า 2 เซนติเมตร) จำกัดอยู่ในบริเวณเดียวและยังไม่แพร่ไปยังต่อมน้ำเหลืองใกล้เคียง
ระยะที่ 2 มะเร็งมีขนาดระหว่าง 2-4 เซนติเมตรแต่ยังไม่แพร่กระจาย
ระยะที่ 3 มะเร็งมีขนาดมากกว่า 4 เซนติเมตรและมีการแพร่กระจายไปที่ต่อมน้ำเหลืองที่คอด้านเดียวกัน ต่อมน้ำเหลืองมีขนาดน้อยกว่า 3 เซนติเมตร
ระยะที่ 4 เป็นระยะที่ซับซ้อนมากที่สุดและมีการพยากรณ์โรคแย่ที่สุด โดยมะเร็งต่อมทอนซิลระยะนี้จะมีลักษณะข้อใดข้อหนึ่งต่อไปนี้

• มะเร็งแพร่กระจายไปที่บริเวณรอบคอหอยหรือปาก หรือต่อมน้ำเหลืองมากกว่า 1 ต่อม
• มะเร็งแพร่กระจายไปที่ต่อมน้ำเหลือง 1 ต่อมที่มีขนาดใหญ่กว่า 6 เซนติเมตร
• มีการแพร่กระตายไปที่ต่อมน้ำเหลือง 1 ต่อมที่อีกฝั่งหนึ่งของคอ
• มะเร็งแพร่กระจายไปตามส่วนต่าง ๆ ของร่างกาย

ในการรักษา โดยทั่วไปแล้วจะมีการรักษาทั้งหมด 3 ชนิด คือ

1. การผ่าตัด – ผู้ป่วยส่วนใหญ่มักต้องการการผ่าตัดนำก้อนมะเร็งออก ในผู้ที่มะเร็งอยู่ในระยะที่ 1 หรือ 2 อาจไม่ต้องรับการรักษาด้วยวิธีอื่นต่อหลังจากการผ่าตัด แต่อาจจะมีการแนะนำให้ฉายแสงต่อ เนื่องจากว่าเซลล์มะเร็งที่เหลืออยู่เพียงเซลล์เดียวก็สามารถทำให้เกิดก้อนมะเร็งขึ้นมาใหม่ได้
2. การฉายรังสี – ภายหลังจากการผ่าตัด ผู้ป่วยส่วนมากจะเข้ารับการฉายรังสี เพื่อทำลายเซลล์มะเร็งที่ยังเหลืออยู่ การฉายรังสีมีหลายแบบและการตัดสินใจเลือกชนิดของการฉายรังสีนั้นขึ้นอยู่กับสถานการณ์
3. การรับยาเคมีบำบัด – หากคุณเป็นมะเร็งระยะที่ 3 หรือ 4 คุณมักจะต้องได้รับการรักษาด้วยการใช้ยาเคมีบำบัด ปัจจุบันมีการรักษาวิธีใหม่ชื่อว่า Induction Chemotherapy ซึ่งจะทำให้ก้อนมะเร็งมีขนาดเล็กลงได้

แพทย์ส่วนใหญ่มักแนะนำให้เข้ารับการผ่าตัดต่อด้วยการฉายรังสีเฉพาะที่ แพทย์บางคนอาจใช้การรักษาในอุณหภูมิสูง (ทำให้ร่างกายมีอุณหภูมิสูงเพื่อทำลายเซลล์มะเร็ง)

นอกเหนือจากนี้ยังมีการรักษาที่ยังอยู่ในการวิจัยอีกหลายชนิดแต่บริษัทประกันมักจะไม่ครอบคลุม เนื่องจากการใช้การรักษาด้วยวิธีเหล่านี้มีราคาแพงมาก ยกเว้นว่าจะเข้าร่วมโครงการวิจัย

นอกจากนั้น ยังมีการรักษาแบบองค์รวมอีกหลายอย่างที่อาจไม่มีการรับรองทางวิทยาศาสตร์ทั่วโลก ซึ่งการรักษาด้วยวิธีเหล่านี้ต้องออกค่าใช้จ่ายเองและอาจมีราคาแพงได้ และไม่รับรองผลการรักษา