มีสาเหตุดังนี้ 

1. มีการติดเชื้อไวรัส หรือ เเบคทีเรีย ที่เนื้อเยื่อสมอง เชื้อที่พบได้บ่อยเช่น Herpes simplex virus , Enteroviruses, Measles, mumps, rubella , chickenpox viruses เป็นต้น  
2. ระบบภูมิคุ้มกันไวเกิน (immune system over-reacting) 
3. โรคภูมิต้านตนเอง (Auto-immune)  

• fever
• headache
• sensitivity to light
• neck stiffness
• skin rashes
• nausea/vomiting
• loss of energy/appetite
• changes in alertness (sleepiness)
• confusion or hallucinations
• difficulty talking
• problems walking
• seizures

• CT scan : การตรวจวินิจฉัยโรคด้วยเครื่องเอกซเรย์คอมพิวเตอร์ 
• lumbar puncture : การเจาะไขสันหลัง
• electroencephalogram (EEG) การตรวจคลื่นไฟฟ้าสมอง
• magnetic resonance imaging (MRI) : การตรวจคลื่นแม่เหล็กไฟฟ้า
• blood, urine and stool tests : การตรวจเลือด , ปัสสาวะ และ อุจจาระ

การรักษาโรคไข้สมองอักเสบคือการตรวจหาสาเหตุ  เด็กส่วนใหญ่ที่ได้รับการวินิจฉัยว่าเป็นโรคไข้สมองอักเสบจะได้รับการรักษาในโรงพยาบาล  

ขั้นตอนแรกในการดูแลคือการรักษาอาการป่วยให้คงที่และพยายามหาสาเหตุว่าเกิดจากอะไร แพทย์อาจสั่งเจาะไขสันหลัง (lumbar puncture) เพื่อหาสาเหตุของแบคทีเรียและไวรัส หลังจากนั้นเเพทย์จะพิจารณาให้ยารักษาทางหลอดเลือดดำ  

เเต่หากโรคไข้สมองอักเสบ มีสาเหตุจากภูมิคุ้มกันต้านตนเอง ( auto-immune) ส่วนใหญ่จะรักษาโดยการใช้ยากดภูมิคุ้มกัน หรือรักษาร่วมกับ high dose steroids, intravenous antibodies และ plasmapheresis เป็นต้น